本牙醫系碩士班甲組(口腔應用科學研究與臨床牙醫學訓練組)共提供以下9種專業訓練：1.口腔應用科學研究。2. 一般牙醫學訓練、3.贋復牙科專科訓練、4.牙周病科專科訓練、5.牙髓病科專科訓練、6.兒童牙科專科訓練、7.口腔外科專科訓練、8.家庭牙科專科訓練，和9.特殊需求者口腔醫學科專科訓練。

以下為各專業訓練報名資格：
專業1: 口腔應用科學研究
大學理、工、農、醫、牙醫或相關科系畢業，得有學士學位者（含應屆畢業生）。
對於
(1)預防牙醫學、口腔公共衛生、牙科統合分析（meta analysis）或人工智慧等牙科數據分析有興趣者，或對於
(2)牙醫行為科學、口腔與大腦連結研究、口腔顏面疼痛與神經科學、口腔生理學、咀嚼與吞嚥功能等、牙科材料應用或口腔微生物分析等口腔應用科學研究有興趣者。

專業2~9: 臨床牙醫學訓練課程：
本臨床牙醫訓練課程提供牙醫系畢業碩士班學生『一般牙醫學訓練』與『專科醫師訓練』兩種碩士班結合臨床訓練管道。在就學期間，學生必需進行臨床訓練與碩士等級之研究，缺一不可。

申請專業2:『一般牙醫學訓練』的碩士生，須具備以下所有條件
大學牙醫學系畢業證書
中華民國牙醫師證書
申請專業3~9:『贋復牙科專科訓練、牙周病科專科訓練、牙髓病科專科訓練、兒童牙科專科訓練、口腔外科專科訓練，特殊需求者口腔醫學科專科醫師、家庭牙科專科訓練』等碩士生課程，須具備以下所有條件
大學牙醫學系畢業證書
中華民國牙醫師證書
開學日以前完成2年PGY訓練者
申請專業3~9之申請者，請於自傳中註明欲申請的訓練優先順序，可選擇上述3~9專業訓練選項，最多可以填寫最多2個志願序。

附註：
以上專業訓練2~9需合併符合碩士等級之基礎研究訓練。
專業訓練2的一般牙醫學訓練，其中為包含兩年PGY訓練和碩士班程度的研究訓練，修業年數為三年。
專業訓練2的一般牙醫學訓練，其PGY訓練地點可以選擇陽明交通大學附設醫院或是台北榮民總醫院。若選擇陽明交通大學附設醫院作為臨床訓練場所，兩年PGY訓練內容，薪資與福利比照正職住院醫師。
專業訓練3~8之專科醫師訓練地點為台北榮民總醫院。
專業訓練2的一般牙醫學訓練、4的牙周病科專科訓練、專業訓練5的牙髓病科專科訓練和專業訓練9：特殊需求者口腔醫學科專科訓練的修業年數均為3年，第1年主要在學校進行碩士研究，第2~3年主要在醫院進行臨床訓練。
專業訓練9：特殊需求者口腔醫學科專科訓練，其專科醫師訓練地點為國立陽明交通大學附設醫院，兩年專科訓練內容，薪資與福利比照正職住院醫師。
於台北榮民總醫院進行專科訓練之研究生，台北榮民總醫院教學研究部可以協助報備支援，晚上可以在地區診所合法看診。於陽明交通大學附設醫院進行專科訓練之研究生，醫院無法協助報備支援，故晚上無法在地區診所兼職看診。